萬歷即位后，對一樁明王朝歷史上最大的集體冤案進行了平反。他下詔為“靖難”中為建文帝盡忠而慘死的諸臣建廟祭祀，其中包括徐達的長子徐輝祖、被誅殺十族的方孝孺以及卓敬、盧迥等人。同時，還對這些人的后裔給予了撫恤。
終明一朝，總在不斷地制造冤案然后平反，再制造冤案再平反循環。一般說來冤案平反的周期并不長，有些是制造冤案的皇帝自己“撥亂反正”，有的是先帝死后，新皇帝登基后，馬上用平反來收拾人心，也就幾十年左右。而建文朝諸忠烈被殺是十五世紀初，此時到萬歷平反，已是十六世紀末，將近兩百年，時間也太長了點。
為什么經過這樣長的時間才給他們平反?
大家都知道，明朝的帝系在明成祖朱棣那里拐了彎，發生變故，帝位從長房建文帝那里轉移到第四房燕王朱棣那里。朱棣不起兵“靖難”奪了江山，他的后裔不可能當皇帝，萬歷也頂多是個飽食終日的藩王而已——明朝的歷史一旦改寫，有沒有萬歷帝朱翊鈞這個人存在還難說，萬歷帝當然要感謝自己祖宗起兵篡位。
朱棣當年以“靖難”、“清君側”之類的名義造反，攻陷了南京城，建文帝化裝成和尚遠遁，朱棣謊稱建文已經自焚致死，自己便坐了皇位。他如此做是想極力宣揚自己不是篡位，而是合理合法地繼承皇位。這顯然是在玩騙人的把戲，如果自己不想篡位，當時建文的兒子還在，為什么他不做輔佐成王的周公呢?而將人家兒子禁錮了半個多世紀。朱棣無論如何解釋，也違反了明朝最重要的政治程序——帝位的嫡長繼承制，用現在的話來說，是嚴重的違憲行為。所以劉伯溫的兒子劉璟被朱棣抓獲后，依然稱朱棣為殿下而不是陛下，而且說:“殿下百世難逃一個篡字。”
因此對成祖朱棣來說，帝位繼承的不合法是他一生最大的傷疤，誰揭這個傷疤將會得到最殘酷的報復，由此也能說明他為什么要誅人家十族那樣殘忍。明末清初的張怡在《玉光劍氣集》中說道:“文皇(朱棣謚號為“成祖文皇帝”)誅殺忠義，不遺余力，雖從來待帝國巨憝，未有若此者。”當時建文朝忠臣被殺后，兒孫或被殺或充軍，妻女被發配到教坊司(主管特殊行業的機構)當妓女。張怡舉例說，茅大芳的妻子在教坊司被凌辱致死后，朱棣御筆批示:“著錦衣衛分付上元縣，抬去門外，著狗吃了。”黃子澄的四位女親屬，被二十幾個漢子輪奸，懷了身孕，生了男孩令作妓院的小龜奴，生了女孩，朱棣親批:“由他不得，長到大，便是一個淫賤材兒。”——這哪是文皇帝的作派，分明是厲皇帝、煬皇帝的作派。
如張怡所說，朱棣對這些忠臣比對敵國的大奸大惡還要狠毒，這也不是沒有緣由的。和敵國戰爭，俘虜敵國君臣，這是大多數人都能接受甚至加以贊揚的壯舉，當然可以對俘虜寬厚以示仁義。王朝更替也很好解釋，就如朱元璋推翻元朝，可以說自己是天命所歸，因為元政紊亂，元朝統治者貪婪殘暴是事實，起義兵解萬民于倒懸，是替天行道，所以沒必要對俘虜那么兇狠。而自己鬧家務事，叔叔篡了侄子的位，不能說天命已移，也不能說替天行道。只能說侄子被奸臣們蠱惑、左右做出傻事，起兵是為了保衛祖宗留下的社稷江山。
那么，要證明“造反有理”，自己不是篡位，要把罪過推到建文帝的臣子身上，是他們離間皇室骨肉，是他們搬弄是非，因此必須嚴酷鎮壓。
朱棣的篡位和對建文朝忠臣的殘害，是留給他后代子孫最大的歷史包袱。他的兒子、孫子、曾孫即位，都不能也不敢懷疑自己祖先對這一重大歷史問題所作出的定性，否則的話就說明自己屁股下的龍椅來路不正，簡而言之，當年造反有理不容懷疑。盡管包括皇帝在內心里都明白，那些被成祖殘酷迫害的建文舊臣都是忠義之士。在最推崇道德禮法的大明朝，一群道義上最值得人尊重的士人，其冤屈卻沒人敢為其鳴冤。——因為這不是簡單的刑事案件平反，亦非一般的政治案件翻案，而是直接動搖皇權合法性來源的根本性事件，包括皇帝在內沒誰敢輕易作主。
但血跡總在時光中一點點被沖淡，對當時朱棣當皇帝的合法性質疑也一點點在沖淡，因此朝廷對建文君臣的看法悄悄地發生改變。先是英宗復辟后，想到自己被弟弟景帝囚禁的滋味，將心比心，釋放了建文帝的兒子建庶人，由于長期與世隔絕，這位龍子鳳孫分不清豬牛。但這只是人道主義關懷，對“靖難”的政治定性，都得小心翼翼回避，不能涉及。可是，有一個尷尬的現實是，方孝孺的人仍這樣然蒙冤，似乎在向整天喊忠孝的文臣們昭示一個簡單的道理:向勝利者低頭，不要對失敗者愚忠，造反只要成功就有天然的合法性。——這個結對朱棣以后的每個皇帝來說，解不開就有后遺癥。比如武宗正德皇帝荒唐異常，不把祖宗江山當回事，野心勃勃的寧王朱宸濠在南昌造反，理由和當年朱棣相同，真是有樣學樣。如果不是王陽明及時剿滅，寧王真的坐了江山，誰敢說他是篡位呢?
到了萬歷帝時，距朱棣篡位已經近兩百年了，皇帝這把龍椅，當年是騙來的，是搶來的還是合法繼承來的，已經不重要了，時間讓不合法變成了合法。這有點像一個人占有某份本不屬于自己的財產，長期無人提出異議，最后相關民事法律認可他對該財產的所有權。帝國已進入暮年，當政者最大的希望是利益格局穩定下去不被人打破。此時，就得大力提倡方孝孺對建文帝的赤膽忠心，也需要一再強調曾被自己祖先朱棣破壞的程序法。也就是說，當年自己的老祖宗造反有理，現在造反有罪。如此，為方孝孺等建文朝忠臣平反并修紀念碑，既是一種政治需要，而且時機也成熟，對政局不會有負面影響。
萬歷帝本人對建文帝非常感興趣，他登基后多次問張居正建文帝最終下落，是不是真的去當和尚了。而且讓張居正將一首傳為建文所寫的七律抄錄進呈。詩中說道:“淪落江湖數十秋，歸來白發已盈頭。乾坤有恨家何在，江漢無情水自流。”萬歷和建文性格有些相似，優柔寡斷而文才出眾，這大約也是為建文忠臣平反的一個原因，但不是主要原因，主要原因是政治需要。而恢復被朱棣削奪的建文年號，追謚建文為惠宗，也就是說恢復歷史的本來面目，承認建文是合法的皇帝，徹底了解這一歷史公案，則推遲到崇禎年間，離明亡沒幾年了。
張怡評論朱棣對待建文忠臣的家屬 “慘動天地”，“以見烈皇帝(崇禎)殉社稷，死事寥寥，非無故也。”當年祖先那樣對待方孝孺們，現在自己到了山窮水盡的地步，卻希望臣子們都學方孝孺，世上哪有這樣的好事。