孝莊之所以不和皇太極合葬，原因其實只有一個：夫妻之間感情不和，孝莊不愿意與丈夫合葬。

這里的夫妻感情是指兩方面，一方面是指，皇太極最愛的妻子并非孝莊。另一方面則是指，孝莊最喜歡的人也并非是年齡大自己很多的丈夫皇太極。

　　根據《滿文老檔》記載，已經能算是老姑娘的海蘭珠(孝莊的姐姐)，在26歲時被皇太極納為了妃子。對其一見鐘情的皇太極，隨后不但和海蘭珠朝夕相伴，皇太極更是降旨為她修建了關雎宮，并將其封為了四大妃子之首(宸妃)。從中便可知皇太極對海蘭珠的寵愛程度。

　　崇德年間海蘭珠曾為皇太極誕下過一子。但這個兒子卻不幸夭折，當時的皇太極更是有過將汗位傳給海蘭珠之子的念頭。海蘭珠喪子之后，皇太極更是想要將福臨(孝莊的兒子)，寄養到海蘭珠的名下。因此當時的孝莊和皇太極以及海蘭珠，彼此間是存在矛盾的。

　　皇太極可以不喜歡孝莊，但他不應該讓孝莊母子分離。隨后深受喪子之痛折磨的海蘭珠，最終積郁成疾病逝。因最愛的妃子過世，皇太極甚至打破了朝中規制。當時的他不但降旨全國禁止歌舞，他更是為海蘭珠罷朝數日。僅過了兩年時間，皇太極也因思念成疾去世。可以說皇太極一生最愛的妻子并非是孝莊，而是孝莊的姐姐海蘭珠。

　　皇太極死后，多爾袞與豪格二人，開始激烈爭奪汗位。在索尼、鰲拜等人的一再堅持下，多爾袞，豪格二人只好各讓一步，擁立孝莊的兒子福臨繼承汗位。

　　多爾袞成為攝政王時，他曾逼迫順治帝，降旨承認自己皇叔父攝政王的身份。至于多爾袞和孝莊是否存在著特殊的感情?編者覺得孝莊并沒有改嫁過，但她很可能對多爾袞是存在著一份特殊感情的。

　　成年后的福臨，因母親和多爾袞之間的風言風語，也因為多爾袞曾害死了自己的兄長(豪格)，對多爾袞心生怨恨，隨后多爾袞和福臨之間的矛盾進一步有所激化。

　　滿清入主中原后，多爾袞利用手中的權力做的第一件事，就是耗費巨資興建避暑山莊。為了避免矛盾，多爾袞經常出城打獵。而他也正是在打獵期間，墜馬而亡。多爾袞死后，福臨新仇舊恨一起報，福臨在定了多爾袞多項大罪的同時，更是命人打開了多爾袞的棺槨泄憤。

　　若干年以后，皇帝已經換成了康熙。彌留之際的孝莊卻叮囑康熙道：皇太極的棺槨已經下葬多年了，不可輕易打開皇太極的陵墓將我們兩人合葬。另起陵墓安放我的棺槨又恐勞民傷財。我心念的只有你們父子(康熙和順治)，你務必要妥善安置我的棺槨，這樣我才會沒有遺憾(文言文編者翻譯了一下)。

　　孝莊遺言所表達的意思，便是自己死后不希望想和皇太極合葬。雖然她口中稱，不愿勞民傷財。但當時的康熙剛剛統一全國，大清是有足夠財力修建一座大型陵墓的。而且在滿洲境內，早就有滿族皇室的大型墓葬群存在了。作為愛新覺羅家兒媳的孝莊，卻不愿意進入愛新覺羅家族的祖墳，這就很值得玩味了。

　　孝莊留下如此遺言，一方面可能還是對皇太極獨寵海蘭珠一事耿耿于懷。任何一個為丈夫生下過兒子的女人，都不會原諒丈夫心里愛著另一個女人。另一方面很可能是孝莊對多爾袞確實有著別樣的情愫，隨之她才會羞于與皇太極合葬。

　　最終75歲的孝莊故去，康熙果然遵照祖母的遺愿，未將她的棺槨葬入皇太極的陵中。康熙將孝莊的棺槨放置在了安奉殿，而且這一放就放了三十七年之久。直到公元1725年，雍正帝繼位的第三年，雍正才命人在安奉殿內修建地宮將孝莊的棺槨下葬。

　　既然孝莊在遺言中聲稱，自己心念的是順治、康熙父子。那雍正帝不是應該將她的棺槨，葬在順治、康熙的陵寢旁嗎?事實上雍正帝并沒有如此做。雍正帝認為，正是因為安奉殿內供奉著孝莊的棺槨，才保佑著大清國力蒸蒸日上。隨即雍正帝便降旨，命人在安奉殿內修建地宮，將孝莊的棺槨埋入了其中。

　　比較有意思的是，埋葬孝莊棺槨的地方，距離多爾袞墜馬而亡之地并不算太遠。兩者之間的距離，甚至要比安奉殿到順治帝陵墓的距離還要近一些。這是不是說，孝莊確實對多爾袞有著別樣的情懷。隨即她便留下了一道密詔，讓后世子孫將自己的棺槨埋在更靠近多爾袞死的地方呢?真實情況究竟如何，還有待后世史學家們去進一步考證。