孫士毅在鎮南關收容逃回的官兵，但只有清軍總額的一半。此時，大量的糧械火藥都已經丟失殆盡。后來，從云南的開化廳出兵，進攻安南宣化鎮的烏大經部。但是，他們在遭到農民起義軍的反擊后，也只好倉惶逃回國內。

　　安南之役以清朝的失敗而告終。它沒有實現清朝預期的戰略目標“為黎氏復國，消滅阮氏集團。”

　　安南之役敗北，大批清朝將士殞命安南。乾隆皇帝令敗將孫士毅解任回京，調福康安補授兩廣總督，相機辦理安南事宜。

　　“安南之役”兩國交兵，使清前期的清安關系蒙上了一層陰影。但它并未長久的影響清安關系的正常發展。隨著兩國政策的逐步調整，很快就驅除了戰爭的陰霾，迎來了兩國關系發展的燦爛前景。乾隆皇帝決計不再調兵進剿安南。福康安也與乾隆皇帝的想法相吻合。