萬歷皇帝朱翊鈞在歷史上備受爭議。在他長達48年的皇帝任期中，有近三十年他幾乎不上朝，以消極罷工的方式治理國家，這一程度令人驚訝。因此，時人和后人對他的評價普遍較低，甚至有人極端地稱明朝的衰落實際上源于萬歷皇帝。他沉迷于酒色，怠慢政務和荒謬行為幾乎成為他的代名詞。然而，在歷史上，真實的萬歷皇帝又是怎樣的一個人呢？他在位期間也有過一些重要的舉措和決策。
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一、清算張居正
內閣首輔張居正是明朝歷史上少有的強勢權臣，其他諸如嚴嵩、魏忠賢之流，雖然只手遮天、權傾一時，但在皇帝面前無一不是奴仆姿態。而張居正則不同，萬歷即位時不過區區十歲，何談帝王威嚴，且萬歷生母李太后對張居正信賴有加言聽計從，司禮監太監馮寶更是他的堅定盟友，小萬歷也得畢恭畢敬的對其尊稱一聲“先生”，權勢之盛，炙手可熱。
張居正在執政的十年間，進行了歷史上著名的政治改革，不過最終以失敗告終。萬歷最初對張居正也是發自內心的敬重，一直將其作為自己的精神依靠，為其人格魅力深深折服。但是隨著時間的推移，由于還政時間、張居正的個人作風等問題，兩人間的裂隙不斷加深，張居正死后不久，萬歷皇帝便將這位權傾十年，風光無限的帝師掀翻在地，手段果決，令人震撼。
二、貶斥馮保、架空母親李太后
大太監馮保是司禮監秉筆太監，這是個什么職位呢？說白了就是宦官頭子，但大家可要知道，明朝太監在政治上可謂是呼風喚雨。萬歷初年，李太后、張居正、馮保是明朝政治權力的三駕馬車，他們的政治同盟凌駕于皇權之上，由此可見馮保的權勢之盛。在清算了張居正后，萬歷在數名宦官的協助下將馮保貶斥到南京，最終風光一時的一代權閹在憂憤中一命嗚呼。
而李太后是萬歷皇帝的生母，出身貧寒之家，憑借姿色智慧和機運，最終一朝登天，位尊太后。萬歷親政后，在清算張居正、貶斥馮保后，逐步架空李太后。親政短短幾年，他便擺脫三座大山，政治手段可圈可點，絕非庸人所能比擬。
三、明緬之戰
明朝時期的中國西南疆界線是遠遠超過今天的。除了今天的云南省，明朝還在云南的西部、南部設置了六個宣慰司，以至于今天的緬甸和老撾也被包括在內。（圖二 西南六宣慰司）
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到了萬歷年間，緬甸宣慰司崛起，這便是緬甸歷史上的東吁王朝。萬歷九年（1581年），緬王莽應里繼位，不斷對外擴張。由于其父莽應龍已兼并緬甸大部，莽應里竟將手腳伸向了中國云南。萬歷十一年（1583）正月，緬軍攻陷施甸（今云南施甸），并進攻順寧（今云南鳳慶）、盞達（今云南盈江）等地，給當地人民造成極大苦難。當時朝臣們習于安逸，大多不贊成出兵，在黃仁宇先生的佳作《萬歷十五年》中多有筆墨的內閣首輔申時行也是如此。但萬歷皇帝力排眾議，決意教訓緬甸。名將鄧子龍屢敗緬軍，取得了攀枝花大捷。
但是由于云南太過偏遠，明朝中央鞭長莫及，雙方不斷拉鋸，以至于明緬之間較量了二十年之久。最終雙方講和，以妥協告終。在此戰中，明軍戰斗力的下滑以顯而易見，且明朝的政治腐化日益嚴重，明朝已顯示出濃濃的黃昏暮氣。
四、抗倭援朝
在明朝緩緩步入垂暮之年時，亞歐大陸東緣的島國日本卻發生了翻天覆地的變化。自1467年的應仁之亂，陷入亂世長達一百三十年的日本最終被農民出身的太閣豐臣秀吉所統一。豐臣秀吉可不是個平庸之輩，其野心之大令人咋舌。作為織田信長的政治接班人，他幻想著經由朝鮮突破遼東攻占北京，并趁勢吞并全中國。然后再以浙江寧波為大本營，進一步征服東南亞和印度。
萬歷十九年（1591年），豐臣秀吉致書朝鮮國王：“吾欲假道貴國，超越山海而直入于明使四百州溶化我俗，以施王政于億萬斯年。” 面對日本的無理要求朝鮮因久事明朝而拒絕，惱羞成怒的豐臣秀吉出兵十六萬討伐朝鮮，僅僅兩個月的時間，朝鮮三都被破、八道盡失，日軍幾乎占據了朝鮮全境。危機萬分的朝鮮國王慌忙派人向明朝求援。萬歷皇帝收到消息后反應迅速，立刻從全國集結精銳兵力，出兵朝鮮。這場戰爭戰況極為激烈，畢竟這時候日本剛剛結束亂世，兵威正盛，再加上這次日本可是傾盡了全國之力。
但明朝終究是當時的超級帝國，縱然已是日暮黃昏，也不是其他國家所能撼動的。這場歷時七年的戰爭最終以豐臣秀吉病亡、日軍狼狽回逃告終。
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五、平定寧夏哱拜兵變
哱拜原是個蒙古人，后來投靠了明朝，因為驍勇善戰屢立戰功，頗為明軍重用。哱拜因此日益驕橫，再加上與同僚生有嫌隙，最終與其子起兵叛亂，頓時寧夏大亂。萬歷命麻貴、李如松為大將，遣兵平叛。幾個月后明軍包圍寧夏城，最終哱拜惶恐之下全家自盡，哱拜之亂最終被平定。
六、平定播州楊應龍
在元明清時期，西南地區由于地理偏遠，情況復雜，于是便形成了極具特色的土司制度。土司其實就是地方的土皇帝。今天的遵義市在明朝便是播州土司楊氏的轄地，這個楊氏可不簡單，簡直就是個不倒翁。在唐朝時是南詔國的重臣，隨來跟南詔國王鬧掰了，打敗了南詔中央軍后便事實搞割據。宋朝興起后臣服宋朝，蒙元崛起投降蒙古，明朝強盛了便投靠明朝，真可謂是幾百年的專業墻頭草。
由于做慣了土皇帝，播州土司楊應龍竟大膽的造起了反。明朝政府剛開始猶豫不決，最后決定剿滅播州。明朝竟出兵二十萬，分六路出擊，僅僅用了一百多天便平定叛亂，播州也被撤銷土司地位，被設置成了中央直接管轄的府縣。
抗倭援朝、寧夏兵變、播州之亂在歷史上被稱作萬歷三大征，可以說是萬歷的生涯中最值得濃墨重彩的地方。