嘉靖39年(1560年)初，戚繼光被復職(此前在岑港之戰中，他為胡宗憲的直系人當替罪羊，被辭退)，任臺州、金華、嚴州將軍。此時，新成立的戚家軍只成立了半年。由于軍中逃亡成風，臺州原轄軍衛2衛6所，此時衛所軍的數量，至少只剩下可憐巴巴的20%。要兵無兵，要船無船。衛所軍成了這個敗家，日寇來了怎么打仗？戚繼光一方面不放松戚家軍的訓練；另一方面，在胡宗憲的支持下，大力整頓所轄衛所，訓練水師。經過一年的時間，衛生部隊的士兵恢復到80%以上，新建了40多艘戰艦，水手的力量也得到了加強（因此，明朝最害怕的是很少有人做實事，認真做實事，怎么會失敗）。幸運的是，今年沒有大戰，日本海盜也沒有大規模入侵；否則，戚繼光真的要分手了。然而，侵略性的日本海盜在哪里能學好呢？果然，它又來了，這次入侵的規模更可怕了。
40年(1561年)4月，日寇連艦2萬人數百人，大規模入侵浙江沿海。本來想直接搗亂臺州，因為戚繼光親帶領水手在海上巡邏，所以日本海盜改變了部署。19日，他派人到奉化登陸，當晚跳進臺州治下的寧海劫掠。戚繼光親率軍奔赴寧海。日本海盜非常狡猾。如果你不在乎寧海，我會繼續在這里殺人放火；但是如果你帶領臺州的軍隊增援，臺州的防守力量就會減弱，從而大規模攻擊臺州。但戚繼光還是來了，戚家軍于22日抵達寧海 早就想見面較量的日本海盜，成軍后打了第一仗。
經過嚴格訓練的齊家軍士兵開始列出鴛鴦陣。在習慣于在中國東南沿海猖獗的日本海盜眼中，明朝軍隊是脆弱的新手。只要他們沖鋒殺人，他們很快就會轉動屁股逃跑。我們的武士道和戰刀是最棒的；看看你的陣列，他媽的稀疏一點也不嚴格。這是從哪里找到的一群廢物，不是等著我們砍嗎？于是大舉向鴛鴦猛撲。結果一開始就發現過去的一套根本不好用。
對面的團隊不僅沒有逃跑的意義；相反，在盾牌的掩護下，殺戮的聲音震驚了天空，手里有一堆我從未見過的奇怪的東西。特別是那個帶尖頭和鉤子的長東西太不道德了（狼）。刀不斷地砍它，經常遮住你的視線。看不到這個東西后面的人。在等待對方之前，他們被劃傷了；毀容是輕微的。他們中的大多數人被這個不道德的東西鉤住，然后長矛立即來刺傷自己。打了半天。我身邊的人一個個往下倒。這場戰斗真是窩囊透！于是日寇扔下一堆死尸，轉身逃跑！戚家軍首戰寧海，戰敗猖狂的日寇，戰果是：日寇，死傷2000；齊家軍，陣亡數0。此時，海上的日本海盜已登陸臺州沿海多路。戚繼光是一位著名的將軍，并沒有被第一次世界大戰的勝利沖昏頭腦；相反，憑借出色的軍事素質和不斷收到的信息，他正確判斷了日本海盜的計劃：引誘明軍分散軍隊，打破每一次。更大的戰爭還在后面。因此，戚繼光果斷派出總胡守仁、樓楠迅速援助戰略要地新河。這時，成千上萬的日寇已經直奔新河。
當時，戚繼光的妻子王氏在新河，城中因精壯大部分出征，兵力空虛。王果斷命令打開武庫，組織婦女穿盔甲上城御敵。26日上午，日本海盜突然在新河城下遭到胡和樓援軍的攻擊，并措手不及。這里的日本海盜也是第一次遇到一個敢于戰斗的敵人，被兩邊攻擊，殺死了個人；但占據了鮑的院子，因為石門堅固，房子高，齊用火槍射擊，殺死了數百名日本海盜；剩下的殘疾敵人在晚上逃跑了。還沒打夠，你說跑就跑！戚家軍奮起直追，第二天，在溫嶺追上敵人，再次斬首80多級，日寇殘部乘大霧逃脫。新河戰果：日寇，死傷280余人；齊家軍，三人陣亡。
在新河之戰中，戚繼光從其他幾個日本海盜的動向來看，并非所有日本海盜的主力都出現了，而他們的真正目標將是臺州府。遂親率主力回援臺州。但是進軍途中出現了一個問題:軍糧不夠！援寧海，只帶了三天糧；到27日是第五天；距臺州，還有70英里。戚繼光親自激勵士氣，動員戰斗，全軍空腹跑步行軍；中午趕到臺州東南花街，與日本海盜相遇。這時戚家軍已經很累了，還餓著肚子，但戚繼光激勵士兵“滅賊后會吃”，全軍隨后列陣向日寇猛攻。這里的日寇，也是從未見過士氣如此高昂，戰斗兇猛的明軍(其實還不是正規軍)，兵器怪異，陣型怪異，被打得七零八落。過去，狡猾兇猛的日本海盜習慣了自己的一套奇怪的把戲：第一批披著頭發、武術高強的戰士，額頭戴著鏡子擾亂明軍的視線，跳舞，揮舞日本刀，心理恐嚇明軍；或者在女人面前，舞蹈表演，分散明軍的注意力；后面的頭用折疊扇指揮，隨著風扇的開合跳躍揮舞武器，大喊大叫，利用明軍不知所以，懷疑，突然向前揮舞風扇，于是日本海盜向前猛撲，明軍衛所軍本已戰斗力腐朽，戰斗精神頹廢；所以經常一觸即潰。但這一次，算他們倒霉，對手是戚繼光和一群兇猛敢戰的義烏兵，這套怪招不好用。但這一次，他們運氣不好。他們的對手是戚繼光和一群兇猛勇敢的義烏士兵。這套奇怪的動作很難使用。戚家軍隨著命令勇往直前。你喜歡得瑟。我上來殺了他！殺！殺！看到這一點，我真敢玩命遇見不要命，跑吧！日寇分兩路逃跑。戚繼光命令官兵分兩條路，繼續追打，兩個殘敵終于全殲。
戰斗勝利結束時，午餐剛剛準備好。戚家軍在戚繼光的帶領下，餓著肚子跑了幾十英里，立即投入戰斗。他還打了多少年罕見的殲滅戰。這場戰斗真是驕傲！齊家軍威武！花街之戰成果:日本海盜:被斬首380多級；另外，被趕到海里溺死的人沒有計算。雖然他們沒有留下頭，但他們也見到了地獄之王，傷亡約1000人。一路上，日本海盜幾乎全軍覆沒；兩個日本海盜頭目被俘。戚家軍：三人陣亡。救出5000多人被綁架；繳獲650件各種武器。還有其他路的日本海盜，戰爭還沒有結束。之后，上峰嶺之戰再次爆發。另一路登陸的2000多名日本海盜，見臺州府不能輕拿，便退兵以另尋進攻目標。戚繼光根據情報判斷，日寇將進入仙居，處州；這樣的上峰嶺是必經之路；然后大膽決定在上峰嶺設伏。此時，戚繼光只有1300名士兵，因為許多士兵用于駐軍，所以他們以寡擊眾。戚繼光就是戚繼光。我現在訓練的軍隊和龍山之戰這樣的廢油頭軍隊完全不一樣。我就是敢打！戰前，這位名將與監軍趙大河作戰前動員，頒布了三條嚴格紀律：
1.以戰勝計功而不是個人繳納一級計功。明軍計功的唯一標準是支付第一級；因此，在過去，明軍經常在戰斗中殺死敵人，爭奪頭部，甚至內斗。在戰斗結束之前，他們的陣型和隊形先混亂，而敵人則趁機反擊，這往往導致明軍先勝后敗。戚繼光嚴格要求士兵們在戰場上繼續前進，沒有人能割首級，后面的收容隊負責收首級。總數發生后，根據戰斗分工任務和實戰表現分配給基層隊伍；團隊將再次分配給個人。例如，負責沖鋒和阻擋任務的團隊很難獲得第一級，但他們在戰爭中犧牲了最多的努力。按照個人支付第一級的方式顯然是不科學和不公平的。因此，戰后統一分工給予獎勵。(幾十年后，在朝鮮，楊鎬和麻貴以4萬明軍進攻清正義雄2萬日軍，但他們以反勝為敗。主要原因是楊鎬命令明軍停止進攻，爭奪第一名。)
2.禁止在戰場上搶奪戰利品。防止日本海盜在戰場上扔金銀財產，明軍爭奪時突然反擊；所有戰利品由收容隊收集，戰后獎勵軍隊成功人士。
3.不要殺害和威脅。在日本海盜隊伍中，許多明朝人受到脅迫。他們強迫他們反抗，而不是強迫他們殺死這樣的人。相反，他們增強了日本海盜的力量。
五月初四，戚家軍趕到上峰嶺設伏，手里拿著松枝，遠遠望去像松樹林。第五天，日本海盜出現了，看到松林卻沒有人，誤以為安全，于是列隊進發。戚繼光了解到日寇行軍，一直是精兵放在首尾兩端，中間是弱兵，所以耐心等待日寇隊經過一半后，下令進攻。戚家軍官兵扔掉樹枝，向伏擊圈內的日本海盜發動猛烈攻擊。日寇措手不及，隊伍被分割，并逐一被吃掉，有的開始四散逃命。戚繼光令下屬在山上立起白旗，并大喊，有威脅的人到白旗下，不問罪！數百人立即跑到白旗下，扔掉武器投降。逃回來的日寇，退路也被戚繼軍封死，走投無路，只好逃到上界嶺。戚繼軍追趕猛打，許多日寇被殺下懸崖。殘存的日寇逃入白洋鎮，占據朱家大院頑抗。戚繼軍追趕不舍，包圍大院，用火攻、火器攻擊，徹底殲滅殘敵。這場戰爭，戚家軍以少勝多，又打了一場殲滅戰。戰果:5名頭目被俘的日本海盜；被斬首344級；另一個燒死的人不能砍頭。戚家軍，三人陣亡；繳獲1490件兵器，救出1000多人被綁架。
此后來犯的日寇，只剩下一部逃離寧海之戰的。他們帶著大量被掠奪的明朝人到溫嶺東南登陸，結寨屯兵筑壘。被綁架的中國人，男人都剃光頭發，赤腳，當苦力，大部分都被折磨致死；女人被虐待。五月二十日，戚繼光指揮水陸軍并進，凌晨突然發動進攻，殺聲震天。日寇亂作一團，匆匆抵抗了一會兒，紛紛向海上逃跑，以圖上船；不希望戚繼光已命水師封鎖海面，焚燒日寇船。許多日本海盜被迫跳海游泳。結果，他們遇到了大風大浪，所有跳海的人都埋在魚肚里。頑固的敵人在海灘上逐漸被擠壓，最終被殲滅。有300多名日本海盜乘船在外面掠奪10艘船，聽說老巢被帶走了，想乘船逃跑。結果戚繼光訓練的水師又攔截了他，俘虜了中國人多年血債累累的敵酋健如郎、五郎如郎；其余的都被殲滅了。
這場戰爭的結果：日本海盜被殺，溺死海上的人沒有計算；它建立的陸地小根據地被拿走了。戚家軍解救了12000多人被綁架；繳獲3240多件武器和11艘日本船只。上述戰斗，合為戰役，歷史上被稱為“臺州大捷”。戚家軍成立以來，剛上戰場，面對日本海盜的大規模多路入侵，在浙江發動了一系列殲滅戰。日本海盜在中國東南揮舞屠刀，一度猖獗；這一次，戚家軍誕生了，生來就給不可戰勝的日本海盜一把“斷刀”；讓日寇“只強不返，賊部梟雄悉絕”；戚繼光害怕日本海盜，稱戚繼光為“虎”，見戚家軍膽寒，患有“恐戚癥”。但戚家軍的傷亡率遠低于敵人。連胡宗憲都高興地說，這場戰斗真是“快樂”！
幾年前，戚繼光大力建議訓練新兵，對日本海盜進行殲滅戰時，有人無恥地嘲笑他，甚至說：“我從未聽說過日本可殺手。現在戚繼光用事實，給了那些尸位素食者一張響亮的大嘴。臺州大勝后，總督胡宗憲向朝廷奏疏:“嘉靖40年4月和5月，日本小偷分犯了臺州的水陸，臺金燕參加了戚某，俘獲了1426名日本首領，燒毀了4000多名死者；經過多次戰斗，他贏得了三個冠軍。秉公而士心咸服，令行禁止，軍容整齊。執銳披堅，見賊則輕身先進；絕甘痛苦，遇士則推腹不疑，隨標旗所指，即捷報之連聞。臺民共倚長城，東浙實資保障。功當首論，破格優錄，以風諸將也。34歲時，戚繼光遂被破格提拔為全部指揮。