宗教在中國的中原地區盛行已久，但少數民族地區同樣也有許多信仰者。皇太極在其統治下，修建了許多皇寺廟，這些廟宇的歷史可以追溯到后金崛起之前，而且與蒙古也有很深厚的淵源。
說到創建“皇寺廟”，還要從女真后金時期的蒙古察哈爾部落說起。蒙古察哈爾部落的林丹汗，出生于明代萬歷二十年(1592年)。當年，滿、蒙各部落都有“立長為嗣”的觀念和習俗。明代萬歷三十二年(1604年)，以長孫身份，林丹汗繼承了祖父的汗位，成為統轄蒙古的“可汗”。林丹汗繼位不久，便在蒙古漠南巴林部境內的阿巴噶哈喇山，修建了“瓦察爾圖察漢浩特”(漢語“白城”)，作為政治、經濟、軍事中心。除了實力雄厚之外，林丹汗還是元世祖成吉思汗的嫡系子孫，并握有“傳國璽”、“瑪哈噶喇”金佛、《金經》三大法寶，足已號令蒙古各部落。
“傳國璽”原先珍藏在元朝的內務府。元代順帝被明代洪武帝朱元璋打敗后，攜帶傳國璽逃到沙漠，最終死在應昌府(內蒙克什克騰旗西北達里諾爾西)，傳國璽不知去向。200多年之后，一個牧羊人發現了一件怪事：他的一只山羊一連3天不吃草，只是一個勁兒地在一個山崗下用蹄子刨地。牧羊人見狀，將地面挖開，驚喜萬分地得到了這方“傳國璽”。牧羊人將“傳國璽”交給了元代后裔博碩克圖汗。后來，博碩克圖被察哈爾侵占，“傳國璽”便落到了林丹汗手中。
“瑪哈噶喇”是藏語，意為“寶藏怙主”，譯成漢語為“大黑天”，為藏傳佛教中護法神之一。沈陽“皇寺廟”中的“瑪哈噶喇”佛像，以黃金鑄成，高約兩尺，重1000兩。據有關專家考證，南宋寶佑四年(1256年)，在甘肅涼州(武威)的忽必烈軍營中，工匠巴勒布鑄造了“瑪哈噶喇”金佛。當時，這尊佛像被視為元朝皇帝的護法神、蒙古族的戰神。“瑪哈噶喇”金佛曾由五臺山轉至西藏。明代萬歷四十五年(1617年)，林丹汗下令，在“瓦察爾圖察漢浩特”建造金頂白廟，供奉從西藏請來的“瑪哈噶喇”金佛。
《金經》是舉世聞名的東方佛教經典。元代大德年間(1297年至1307年)，奉元成宗鐵穆耳之命，藏文《金經》被譯成蒙文。盡管林丹汗握有三大法寶，但他到處興兵攻掠，專橫跋扈，貪得無厭，最終激起蒙古各部落的強烈不滿。
林丹汗當政時期，努爾哈赤的后金國在遼東崛起。為擴充實力征討明朝，努爾哈赤對相鄰的漠南蒙古科爾沁部、扎魯特部、八岳特部等部落，采取了“聯姻結盟”政策。努爾哈赤先后迎娶科爾沁貝勒明安女、孔果爾女為妃;又將胞弟舒爾哈齊之女嫁給八岳特部貝勒之子，從而分化瓦解了林丹汗的勢力。
皇太極繼位后，采取軟硬兼施策略，籠絡、征服察哈爾外圍各部，集中軍事力量打擊林丹汗。皇太極先后于后金天聰二年(1628年)、六年(1632年)、九年(1635年)，三次征討林丹汗。尤其是后金天聰六年(1632年)三月，皇太極御駕親征，傳令歸順后金的科爾沁、扎魯特、巴林、奈曼、敖漢、喀喇沁、土默特、阿魯科爾沁、翁牛特、阿特等蒙古部落出兵，在西拉木倫河(西遼河之一)會盟。同年四月下旬，皇太極率領滿、蒙聯軍10萬兵馬，越過興安嶺，駐守都勒河。
后金天聰八年(1634年)十二月十四日，墨爾根一行抵達盛京(沈陽)邊門(沈陽西北平羅堡)。皇太極聞報之后，隨即命畢禮克圖囊蘇喇嘛、大臣羅禮，帶領眾多僧人，前往盛京(沈陽)邊門平羅堡迎接。第二天，墨爾根來到盛京(沈陽)城內，向皇太極奉上“瑪哈噶喇”金佛、《金經》。皇太極大禮接見、款待了墨爾根等人。后金天聰九年(1635年)二月，皇太極下令，表彰墨爾根等二人，賜給每人鞍馬、染貂皮帽、貂鑲皮襖、玲瓏腰帶、玲瓏撒袋、股子皮靴各一;其他歸順人員也各有賞賜。
在賞賜送佛有功人員的同時，皇太極還做出西征決定，差遣弟弟多爾袞，侄子岳托、薩哈廉，長子豪格，遠赴黃河“河西”尋找林丹汗的太子額哲，以及“傳國璽”。當年二月二十六日，多爾袞等“四王”率領一萬鐵騎離開盛京(沈陽)，沿著當時林丹汗的逃亡路線，一路向西疾進。
盡管有在白駱駝臥地不起閉目死去之地建造佛堂之說，但李鳳民先生認為，金佛佛堂，即“皇寺廟”選址的依據，與盛京八旗方位制度有關。清代初期，將盛京(沈陽)內外城東、西、南、北四面劃分為八等份，“八旗”的每個“旗”各占一份。以清初崇德年間的盛京(沈陽)外城為例：北面(由西向東排列)為正黃、正藍兩旗;東面(由北向南排列)為正白、鑲白兩旗;南面(由東向西排列)為正紅、鑲紅兩旗;西面(由南向北排列)為鑲黃、鑲藍兩旗。于是，“八旗”均擁有各自的固定土地。
皇太極雖為一國之君，但在傳統的“八旗”制度上，皇太極僅為正黃、鑲黃兩旗的旗主，擁有相應的固定土地。“皇寺廟”位于小西邊門大御路以北、小北邊門大御路以西之間。這個位置，恰恰是正黃旗的地界，為皇太極擁有的土地。以此推斷，建造金佛佛堂用地，是清太宗皇太極所撥的正黃旗旗地。那么，金佛佛堂便自然是皇家寺院了。所以，盡管金佛佛堂擴建后，全稱叫做“蓮花凈土實勝寺”，但人們還是習慣稱之為“皇寺廟”。
再有，《欽定大清會典事例》記載，后金天聰七年(1633年)定制：喇嘛寺廟必須建在城外。由此可見，“皇寺廟”的選址，也顯然遵循了這一定制。
皇太極建造“皇寺廟”，完全出于政治需要。“蒙古三寶”到手后，又建造了金佛佛堂，使得漠南蒙古十六部四十九貝勒齊聚盛京(沈陽)城，一致擁戴皇太極為蒙古“共主”。皇太極不失機宜地接受滿、蒙、漢諸王大臣上奏的尊號，改稱“皇帝”，改國號為“大清”。這個重大的歷史事件，發生在清代崇德元年(1636年)四月十一日。
所有事情的開端都是有原因的，這建“皇寺廟”聽起來有些荒唐，不能讓人理解。但細究起來，還真是有很多含義。也正是因為皇寺廟建造的過程如此重視，所以現在才有許多人去參觀吧。